Cục Thống kê tỉnh Nghệ An được tổ chức thành hệ thống dọc 2 cấp theo đơn vị hành chính, bảo đảm nguyên tắc tập trung thống nhất:
Đội Duy tu bảo dưỡng đê điều
Trạm Cảnh báo bão Cửa Lò
Trạm Thủy văn Bến Thủy