Cục Thống kê tỉnh Nghệ An được tổ chức thành hệ thống dọc 2 cấp theo đơn vị hành chính, bảo đảm nguyên tắc tập trung thống nhất:
Trạm Cảnh báo bão và Thủy văn Cửa Lò - Bến Thủy
Hạt Quản lý đê Vinh
Hạt chuyên trách Quản lý đê Hưng Nguyên 1
Hạt Quản lý đê Nam Đàn
Hạt Quản lý đê Thanh Chương
Hạt Quản lý đê Đô Lương
Phòng Quản lý đê điều